Manifestările extraintestinale apar de regulă în stadiul inițial al bolii. Ele pot apărea, de asemenea, la fiecare puseu al bolii. Tratamentul cu succes și gestionarea bolii Crohn au un efect benefic asupra simptomelor extraintestinale. Acestea dispar sau, dacă reapar, iau o formă foarte ușoară.